Infectious Disease Outbreaks'te Genomal Şaşırtıcı Hastalıklar: Vaka Çalışmaları ve Stratejileri

Genom ve Neden Bu Önemlidir

Genom gözetimi, patojen genetik verilerinin kamu sağlığı eylemlerini bilgilendirmesi için sistematik koleksiyon ve analizidir. Sadece klinik semptomlara veya temel laboratuvar testlerine güvenmek yerine, bilim adamları virüslerin tam veya kısmi genomlarını sıralar, bakteriler, mantarlar veya parazitler bir popülasyonda dolaşımda bulundular.

Genom gözetiminin gücü hassastır. Tek bir mutasyon, bir patojenin transmizibilitesini, virulence veya tedavilere ve aşılara yanıt verebilir.Bu mutasyonları gerçek zamanlı olarak takip ederek, sağlık yetkilileri kontrolden önce içerler.

Genom gözetimi, geleneksel epidemiyoloji ile bütünleştirir. Sadece röportaj yaparak vakaları kovalamak yerine, halk sağlığı ekipleri genetik benzerlik yoluyla davaları bağlayabilir, bu karma yaklaşım -genekonomiyoloji-sonsuz iki yıl önce hayal kırıklığına uğratılabilir bir detay seviyesine sahiptir.

Genomun nasıl işlediği: Teknik Geri Bone

Örnek Koleksiyon ve Hazırlama

Etkili genomik gözetim, küçük gözetimlere odaklanmadan önce başlar ve birçok hastane veya klinik gibi gönderici sitelerden toplanması gerekir. Örneğin, spam virüsleri dahil olmak üzere, örneğin, soğuk zincirli lojistiklere odaklanırsa, bazı programlar temellenir.

Sequencing Technologies

Üç büyük sequencing platformu, genomik gözetime hükmedmiştir.ETHFLT:0)Illumina kısa süreli sequencing yüksek doğruluk ve aktarım sunar, büyük ölçekli projeler için ideal sağlar.[/FLT:2).Oxford Nanopore). uzun süreli sequencing, alanda gerçek zamanlı veri nesline ihtiyaç duyar. ”

Bioinformatics Borular

Ham sequencing verileri sağlam biyoinformatik olmadan küçük anlamına gelir.Ahkeşme gibi borular:0)Sonraki akış lineaj isimleri, nf-core/viralrecon) otomatik kontrol, haritalama, arama ve konsensülör üretimi.

Data Paylaşım Platformları

Genom gözetimi, yalnızca verinin dünya çapında paylaşıldığı potansiyelini yerine getiriyor.ETHFLT:0)GISAID), ilk kez influenza ve SARS-CoV-2 dizilerine, 16 milyondan fazla genoma kadar (FLT:2) Geri dönüşümlü olarak geri dönüşümlü olarak geri dönüyor ).Atrain)[Dönetici algılama ve coğrafi algılama platformlarına doğru yol açan bu aşı platformlarına ve coğrafik algılamalara yol açıyor.

Vaka Çalışması 1: 3 - Genom-19 - Genomik Şaşırtıcı Devrim Devrimi

İlk vakaların haftaları içinde, Çin bilim adamları SARS-CoV-2'nin tam genomunu yayınladı. Bu sıra teşhis testleri, mRNA aşıları ve antiviral tedavilerin gelişimini sağladı. Ancak gerçek atılım 2020 ve 2021 boyunca olumlu örnekleri sistematik olarak ortaya çıkardı.

Variant Tespit ve Yanıt

2020 yılının sonlarında, İngiltere'nin COG-UK konsorsiyumu 100.000'den fazla viral genoma işaret etti ve Alpha varyantını (B.1.1.7) tespit etti ve bu keşif, ilk kez Botswana ve Güney Afrika tarafından bildirilen ve daha hızlı bir şekilde gelişmiş bir şekilde, daha fazla sayıdaki mutasyonu tetikledi.

Gerçek Dünya Etkisi

Genom gözetimi doğrudan politikayı etkilemiştir. Delta ortaya çıktığında, ülkeler tamamen genetik verileri Variants of Reason aşı-in bağışıklık, yükseltici dozlar önceliklendi.GÖRTÜNCÜŞÜNÜT:0) UNICEF'in değişken izleme sistemi), Variants of Essayic aşısı sınıflandırmak için tamamen teklif edildi.

Sınırlamalar Exposed

salgın ayrıca, birçok düşük ve orta gelirli ülke, tespit edilmemiş olan ayrımları ortadan kaldırmıştır. DSÖ, orta-2022'nin Patojeni olarak tahmin edilmektedir[Döneticileri)[Döneme göre Afrika'daki olumlu örneklerin% 1'i sıra dışı kalmakta, gözetimde %10'u aştı. Küresel eşitsizlik tespit edilmemiş şekilde yayılmamış.

Vaka Çalışması 2: Ebola – Gerçek Zamanda Translaksiyon Zinciri

2013-2016 Batı Afrika Ebola salgını tarihte en ölümcülydü, salgında 28.000 vakadan fazla, araştırmacılar doğrudan alanda taşınabilir ayrılık cihazları (MinION) dağıtmaya başladı. Bu, ilk kez bir hemorhagic ateş salgını sırasında kamu sağlığı kararlarına rehberlik etmeye başladı.

Alan Gine ve Sierra Leone'de Çarpıyor

Takımlar, hayvanlardan tek bir girişten kaynaklanan salgınların, insan-insan iletimlerinden kaynaklandığını gösterdiler. Phylogenetic ağaçlar, bazı iletim zincirlerinin 24-48 saat içinde hasta örneklerinden tespit edildiğini, sağlık görevlilerinin izleme alanlarını genişletmelerini sağladı.

Containment üzerindeki etkisi

Genom verileri, virüsün tekrar hayvandan atlanmadığı konusunda ayrımcılığa ve yeni yayılma olayları hayvan rezervuarlarından ayırt etmenize yardımcı oldu. 2018 Demokratik Kongo Cumhuriyeti'nde yapılan salgın sırasında, sequencing, virüsün tekrar hayvanlardan atlanmadığını doğruladı, ancak bunun yerine, rVSV-ZEBOV aşısıyla hedeflenen aşılarla bağlantılıydı.

Dersler Öğrenilen Dersler

Ebola genomik gözetimi, taşınabilir ayrılıkların austere ortamlarda çalıştığını göstermiştir. Ayrıca genetik verileri salgın bölgelerden paylaşmak, topluluk damgalanması ve fayda paylaşımı hakkında endişeler ortaya koydu. Sonuç olarak, protokollerin şimdi önceden onay, veri yönetimi ve genomik anlayışlardan elde edilen tedavilere eşit erişimi vurgulamıştır.

Vaka Çalışması 3: Mevsimsel Influenza – The Original Genomic Surveillance System

En uzun süre önce, grip en olgun genomik gözetim ağı vardı. [Ücretsiz ve Yanıt Sistemi (GISRS)) tarafından koordine edilen, 1950'lerden bu yana grip sularını toplamak ve bölmek için kullanılıyor.

Yıllık Lisans

Yıl boyunca, laboratuvarlar hemagglutinin (HA) ve neuraminidase (NA) genlerin dolaşımdaki grip virüsleri hakkında bilgilendirilmesi gerektiğini tanımlar. Phylogenetic analizi, bir yıl önce bağışıklığa yol açan kriladeleri tanımlar.

Pandemik Hazırlanma

Influenza genomik gözetimi ayrıca salgınlar için erken bir uyarı sistemi olarak hizmet vermektedir. H1N1pdm09 2009 yılında ortaya çıktı, grip aşısı olmadan dünya, SARS-CoV-2 gibi bir yeni solunum virüsü için çok daha az hazırlıklı olurdu.

Vaka Çalışması 4: Antimik Direniş - Bakteriyel Surveillance

Genomlar virüslerle sınırlı değildir. Bakteriler alarm oranlarında antibiyotik için direnç gösterir ve tüm-genome sequencing (WGS) şimdi hastanelerde ve topluluklarda dirençli klonları takip etmek için kullanılır.TheurFLT:0)Klebsiella Reveillance Sistemi (GLASS))[FLT)