جدید ترقیاتی آلات میں جنیٹکس کو تبدیل کیا گیا ہے، وہ جنیٹکس کو جمع کرنے اور غیر درستی اور رفتار سے کام کرنے کے قابل ہیں، یہ بہتریات زندگی کے وسیع فرق کو مفقود کرنے کے لیے اہم ہیں، مائیکروبیکل کے جراثیم سے لے کر پیچیدہ ایوک ایسڈز تک، طباعت، صحت کے لیے منتقل کیے گئے ہیں۔

فاؤنڈیشن : جنیم اسمبلی

جنکوم اسمبلی اصل DNA کے ترتیب کو آپس میں ملانے کا ایک پیچیدہ عمل ہے جسے ٹکڑے سے حاصل کیا جاتا ہے Sequencing پلیٹ فارمز سے حاصل کیا جاتا ہے۔اس کام کی پیچیدگی دوبارہ شروع ہونے والی ہے، پولی‌ای‌ای‌ای‌اِلائزڈ کی دریافت سے شروع ہوتی ہے اور شروع میں جمع کرنے والے لوگ تھوڑے سے وقت میں اِل‌وِم‌نا ٹیکنالوجی کو پڑھنے پر بھروسا کرتے ہیں جو اکثر اوقات اوقات اوقات ان توڑ کر توڑ دیتے ہیں ۔

دیو ازم الغزالات -

ڈی نیوو اسمبلی بغیر کسی حوالہ کے ایک ایسے آلے کو استعمال کرتی ہے جس سے اس سے متعلقہ نامیاتی اجسام یا انواع کا مطالعہ ضروری ہو جاتا ہے ۔

  • [Overplap-layout-consss (OLC): طویل عرصے سے سویٹیبل پڑھنے کے قابل، OLCپرٹ اپ لوڈ کرنے کے لیے براہ راست استعمال کرتا ہے Cantu اور [FLT:T] [FLLLLT] [FLC]] [OTT]] [FLC] کے ساتھ Oncoored Protables datatax کے ساتھ Ox کے ساتھ Utaxof
  • Dee Bruijn گراف: مختصر پڑھنے کے لیے Efficent، یہ طریقہ k-mers میں تبدیل ہو جاتا ہے اور گراف بناتا ہے. Velvet اور Spades کلاسیکی نمونے ہیں، جس کے ساتھ اب Spades دستی طور پر Handling data ہے۔
  • Straring graph: [1] ایک یادگار ارتقائی ارتقا، جسے استعمال کیا جاتا ہے اور راوین طویل العام کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔

طویل النظر پڑھنے اور اس کے مضامین پڑھنے کے بعد

طویل خواندگی ٹیکنالوجی (PacBio Hifi, Oxford Nanopore)سے دس سو کلو میٹر طویل تک پڑھی جاتی ہے یہ طویل عرصے سے ریپٹوسٹی کے علاقوں کو پڑھتے ہیں، پیچیدہ ذرات کی مکمل اسمبلی کو قابل بناتے ہیں۔

  • Canou: [1] اعلیٰ تعلیم کے لیے بنایا گیا سیلرا مجمع کا ایک فورم جو اعلیٰ درجے کی پڑھائی کے لیے بنایا گیا ہے یہ اسمبلی سے پہلے غلطی کا کام کرتا ہے۔
  • Flye: دوبارہ گراف کے ذریعے استعمال کرتا ہے جو انہیں دوبارہ تبدیل کر کے انتہائی مصدقہ اسمبلیاں بنا دیتا ہے۔
  • ]شاشتا:] اوپٹم فار آکسفورڈ نانپور پڑھنے کے لیے، شاستا تیز رفتار اور یادداشت کا حامل ہے، بڑے بڑے بڑے بڑے اداروں کے لیے موزوں ہے۔
  • ہائیفیاسم: PakBio HiFi data کے لیے خصوصی بنایا گیا، جس سے silotig حلول کے ساتھ ساتھ اسمبلیاں تشکیل دی گئیں۔

مایوسی کی وجہ سے

اختبارات جمع کرنے کی درستی طویل پڑھائی کے ساتھ پڑھنے کی تصدیق کرتا ہے۔یہ حکمت عملی خاص طور پر انتہائی مفید اور طول و عرض کرنے کے لیے مفید ہے۔

  1. ایک ڈرافٹ کو لمبے پڑھنے کے ساتھ جمع کریں (جیسے کہ فلے استعمال کریں )۔
  2. پولینڈ کے ساتھ مختصر سے [Pilon] یا آزادBayes۔
  3. جس میں ہیپاٹائٹس پاس کے سینکڑوں ون‌وے کی مکمل اسمبلیوں کے قریب پہنچ گئے ہیں ۔

بیرونی وسائل : [CLI اسمبلی حلقہ] [1] کولکتہ اسمبلی شماریات اور ڈاؤن لوڈ کرتا ہے. عملی طور پر انفنٹری کے لیے گالاکسی پلیٹ فارم قابل رسائی اسمبلی کام کے لیے پیش کرتا ہے۔

جنینو انوٹیشن : بلیئرنٹ کو توڑ کر رکھ دیا جاتا ہے۔

جب کسی کیمیائی عمل کو جمع کیا جائے تو انوٹیشن کی شناختی عناصر (nonotion) کے عملیاتی عناصر: پروٹین-coding genes, غیر کوائل RNA, regovation settlements, pseudogenes, pstructions, psociation) وغیرہ۔ انوٹیشن کو ناؤجن (genesal genes) میں تقسیم کیا جا سکتا ہے اور ان کے بارے میں لاحقہ (اس کے نتائج) میں نہایت واضح طور پر پیشگیات (generative) کی گئی ہیں۔

ابی‌تھیُو جین پریفیکچر

ای جبکہ انتیو طریقے کوڈنگ علاقوں کی شناخت کے لیے جین ترکیب کے models کا استعمال کرتے ہیں. ان کو معلوم جینز کا ایک تربیتی سیٹ درکار ہے. . [AUUUUS، ، ، اور [FLT:GLT] کے لیے commune کے لیے commune کے لیے آسان طریقے استعمال کرتے ہیں.

ثبوت-

ثبوت پر مبنی پیش لفظ RNA-seq، پروٹین ہومولوجی اور دیگر تجرباتی ڈیٹا کو پیش کرنے کے لیے پیش کیا جاتا ہے تاکہ تصدیق کی جا سکے۔یہ اب Eukaryotic special Project میں معیار ہے۔

  • BRAKR1/2/3: [1] Integrates جین مرک-ٹی (RNA-seq تربیت یافتہ) اور AUUUUUUUUUS for Prestruction Eukaryotic entoology. BRAKR2 بغیر RNA-seq کے اجسام کے لیے پروٹین اشارہ استعمال کرتا ہے۔
  • MUMR2: ایک لطیف پائپ لائن جو اب تک کی پیش گوئیوں، ہومیولوجی اور RNA-seq ثبوت کو ملاتی ہے. یہ ایک غیر ضروری کیفیت کو بہتر بنانے کے لیے بنیادی طور پر چلایا جا سکتا ہے۔
  • پروککا: [TLT] [Tailored for Prokaryotic symics، Pfam، TIGRFAMs اور COGGs کے لیے تیز رفتار کارکردگی کے لیے استعمال کرتے ہیں۔

زبان سیکھنا

گہرا سیکھنے سے متعلقہ ماڈلز میں داخل ہوئے ہیں، ان کے ساتھ ماڈلز جو انور لائنوں کو ترتیب دے سکتے ہیں، اور یہاں تک کہ انتہائی اثر و رسوخ بھی حاصل کر سکتے ہیں.

ترقی‌پسند اور کمیونٹیز

سافٹ وئیر [FLT] [FLT]. [FLT]. . [FLT]. [PhyloCSF] [foused] [fougent:T] [FL4] [foCF] [3] [3] [PLT] کیڈیشنل درکار ہے،[LPLPT]:TTT] کیسپ کی صورت میں تبدیل کی گئی ہے. [LPLPTTT].

انٹری‌گرام پائپلائنز اور خودکار طریقے سے

طلبہ کو میزان میں ہائی رائز سے داخل ہونے والے پائپوں کی ترقی کی تحریک دی گئی ہے جو اسمبلی اور نامناسب دونوں کو منظم کرتی ہیں یہ نظامات ڈیٹا کو قبل از وقت منظم، غلطی، اسمبلی، تناسب، اسکوفینگ، اسفوفولنگ اور غیر فعال طریقہ کار میں شامل ہیں مثالوں میں شامل ہیں:

  • GAP (Genome Assembly and Annotation Pipeline): مصنوعی طور پر تیار کردہ اور تفریحی اشیاء، یہ اسپیسڈ، ویلیٹ، پراکیکا اور BUSCO جیسے آلات کو آپس میں ملاتی ہے۔
  • Guardenovo + اگلا پولش: طویل خواندگی کے لیے ایک مقبول ملاپ اور ان کی تشہیر کے لیے اکثر ہائیف پڑھنے کے ساتھ استعمال کیا جاتا ہے۔
  • nf-core/asemboration: ایک اگلی بنیاد پر پائپ لائن جو اسمبلی اور انوٹیشن کے لیے مؤثر کارکردگی فراہم کرتی ہے، ضمنی طور پر ضمنی ماحول کے ساتھ مطابقت پیدا کرتی ہے۔
  • JBrowse2 / IGV: [حوالہ درکار] ایسے آلات جو محققین کو دستی طور پر انوکٹوں کی شناخت اور غلط شناخت کرنے کی اجازت دیتے ہیں۔

خودکار علاج کی ضرورت کو ختم نہیں کرتا۔ ماہرانہ تجزیے کے ساتھ ساتھ تجزیہ کی گئی معلومات کا ملاپ حوالہ دینے والے اداروں کے لیے سونے کا معیار باقی رہتا ہے۔

خوبیوں کی اہمیت

Rouust it mitics serics serome. ] ٹولز کو مکمل طور پر جانچنے کے لیے یکدم یا اتوبطاب کی تلاش میں جانچ پڑتال کرتا ہے [fLT] [T] [T.] [TT] [TT]کے پیمانے پر ناپنے کے لیے: [3]

مستقبل کی ہدایات

اگلی دہائی کئی متبادل ترقیات لائے گی:

  • [Telomere-to-telomere (T2T) اسمبلیاں: مکمل انسانی حیاتیاتی ہندسیات اب سالماتی طور پر پڑھنے اور ترقی یافتہ اسمبلی الجبرا (مثلاً Verkko)، T2T منصوبے ماڈل اجسام تک پھیل رہے ہیں۔
  • جہلم پر مبنی پنگین: ایک ہی لکیری حوالہ کی جگہ، پنگنام گراف کی طرح تمام آبادیوں پر گرفت کرتا ہے. آلات جیسے منیگراف، وگ اور پن گینام گراف معمار اس موڑ کی قیادت کر رہے ہیں۔
  • ری ٹیل ٹائم انٹنگ:] انوٹیشن آلات کو ترتیب دینے والا آلہ جو ڈیٹا کو اسی طرح ترتیب دیا جا سکتا ہے جیسے کہ ایک دھماکے میں sencorporation اطلاقیہ کی شناخت کی جاسکتی ہے۔
  • [integration of epigenomics: انوٹنگ ڈی این اے میتھیلیشن، ہیٹونین مارک اور کروماٹین ایک ایسے سالماتی ڈیٹا سے مل کر نئے سالماتی قریبی رسائی درکار ہوگی جو مجمع کو عملًاً منظم ڈیٹا سے ملاتی ہے۔
  • [AI-A-reserves غلطی: [حوالہ درکار] بڑے پیمانے پر تربیت یافتہ ماڈلز پر تربیت یافتہ ہیں جو انتہائی غیر معمولی اور درست اسمبلی غلطیوں کی پیشینگوئی کر سکتے ہیں جس میں دستی کی دیکھ بھال کم کی جا سکتی ہے۔

بیرونی وسائل : CNI Eukaryotic Genome Annotation پائپ لائن [1] Eukaryotic accons کے لیے موجودہ بہترین عوامل ظاہر کرتے ہیں۔

اختصار میں، حیاتیاتی انجمن کے لیے شمارندی آلات اور انوٹیشن کے لیے ایک پختگی حاصل کی گئی ہے جس سے بڑے پیمانے پر منصوبے کو ناقابل یقین اور قیمت بنا دیا جاتا ہے۔اس طرح طویل پڑھائی، مشینوں کی ذہانت اور ان پٹوں کے ملاپ نے پیچیدہ خلیات کو مطالعہ کرنے میں رکاوٹوں کو زیر کیا ہے. جب یہ آلات جاری ہوتے ہیں تو ان کی مدد سے زندگی کے متعلق تحقیق کرنے والے تمام تر عوامل کو جاننے کے لیے بہتر طور پر جاننے کے لیے